王愉假节前往江州，上任之后的第一件事便是将胡凯驱逐，夺其一切官职，驱逐出江州。胡凯逃往荆州，向桓玄哭诉。桓玄一时也没有办法，因为他知道，殷仲堪是不可能为了胡凯而向司马道子施压的，只得温言安慰。

王愉按照司马道子的指示，整肃江州军队和官员，将之前的官员和将领都清洗了一遍。逐渐建立了以自己为核心的江州军政格局。

面对朝廷的行为，殷仲堪选择了视而不见。王恭兵败被杀之后，殷仲堪选择自保的行为让他声望和实力损失极大。此刻的殷仲堪只想着自保，并无挑衅司马道子的想法。他寄希望于司马道子遵守承诺，保证他在荆州的利益和权力。江州发生的事情，本就不在他的考虑之内，所以选择了视而不见。

但桓玄却知道，这是司马道子吹响了反击的号角。整肃江州，便是要对之前殷仲堪和杨佺期起兵助王恭的行为发起反击的前戏。稳定了江州，便可构建前线屏障。而司马道子显然不会止步于此。

桓玄意识到了问题的严重性，数次向殷仲堪进言，让殷仲堪保持警惕，最好能够警告司马道子，让他的行为不要太过分。

当初殷仲堪和杨佺期退兵之后，桓玄大怒不已，在一次酒席上，桓玄佯醉指责殷仲堪为了自保不顾道义退兵的举动，引起了殷仲堪的极大不满。两人之前关系倒甚为和睦，但从兵败之后开始，关系疏远了许多。

只不过，桓玄为桓氏之主，荆州乃桓氏盘踞经营多年之地，殷仲堪对桓玄保持着基本的礼貌和敬畏。随着他在荆州的时间越久，便越是对桓玄在荆州的言行感觉到碍手碍脚了。

此番桓玄又来要求自己对司马道子强硬，殷仲堪心中不满。

“南郡公，我乃大晋臣子，督守荆州而已。江州非我所辖之地，朝廷任命官员治理江州，我有何权力指责？我同会稽王达成谅解，好不容易化解干戈，令我大晋有安宁之日，你欲要我同司马道子交恶，是何道理？当初我起兵，乃是响应王恭肃清奸佞的号召。奸佞之臣王国宝已死，我的目的便已经达到了。是王恭野心膨胀，意欲有其他不轨的企图，我岂能同他为伍？故而和杨佺期退兵。我知道你因此而不满，但我殷仲堪自有行事的原则，难不成你以为我是提线木偶不成？”

这几句话说的极重，桓玄当即无言以对。殷仲堪说的很明白了，你桓玄别以为可以控制我，我可不是你的提线木偶。我怎么做，自有我的道理，你别来指手画脚。

桓玄自然不想和殷仲堪彻底闹翻。他虽为南郡公，桓氏家主，在荆州享有极高的声望和号召力。但是殷仲堪手握荆州军权，是朝廷认可的刺史。自己心中的远大愿望，需要借助于殷仲堪手中的兵马来实现。眼下和殷仲堪闹翻脸，是极为不明智的行为。

桓玄何等聪明之人，当即向殷仲堪道歉赔礼，解释了自己是担心司马道子想要对殷仲堪不利，自己关心此事，才来劝说，并无他意。

殷仲堪自然也不想和桓玄交恶，在荆州，他殷仲堪的根基还不稳固，需要借助桓氏的声望来稳固荆州。