在艾丽的指导下，科研人员迅速对飞船的能量系统进行了调整。当飞船的能量频率与屏障的能量波动达到一致时，黑暗能量屏障上出现了一个微小的缺口。探险队抓住机会，驾驶着飞船成功地穿越了屏障，进入了“暗渊之域”内部。

进入“暗渊之域”后，探险队发现这里的空间结构异常复杂，仿佛是一个巨大的迷宫。他们的导航系统完全失灵，只能凭借着直觉和经验在这片黑暗中摸索前行。在探索的过程中，他们不断遭遇神秘组织的巡逻舰队和各种防御设施的攻击，但凭借着出色的战斗技巧和团队协作，一次次成功地化解了危机。

终于，在经过一番艰苦的探索后，探险队发现了神秘组织的核心基地。这是一座巨大的黑色城堡，城堡周围环绕着一圈圈强大的能量护盾，无数艘黑色战舰在城堡周围巡逻。城堡的顶部，一个巨大的能量装置正在闪烁着诡异的光芒，似乎正在进行着某种邪恶的仪式。

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“那就是唤醒‘混沌始祖’的装置。”李明神情凝重地说道，“我们必须尽快摧毁它，否则就来不及了。”

探险队迅速向抵抗军总部发出了信号，请求支援。同时，他们决定先发起攻击，为支援部队的到来争取时间。飞船启动了所有的武器系统，向着神秘组织的舰队和城堡发起了猛烈的攻击。

神秘组织的舰队迅速做出反应，与探险队展开了激烈的战斗。激光束、导弹和能量护盾的光芒在黑暗中交织闪烁，爆炸声震耳欲聋。探险队的队员们英勇奋战，但神秘组织的防御力量非常强大，他们的攻击似乎对城堡的能量护盾效果甚微。

就在探险队陷入困境时，抵抗军的支援舰队赶到了。支援舰队的战舰数量众多，火力强大，一加入战斗就迅速扭转了局势。在联合舰队的强大攻势下，神秘组织的舰队逐渐抵挡不住，开始节节败退。

然而，神秘组织并没有轻易放弃。他们启动了城堡的终极防御系统，一道强大的黑色能量光束从城堡顶部射出，向着联合舰队袭来。这道能量光束的威力极其强大，所到之处，战舰纷纷被摧毁。

“不好，这是城堡的终极武器！”李明大声喊道，“大家分散躲避！”

联合舰队迅速分散开来，躲避着黑色能量光束的攻击。就在这时，科研人员安娜发现了一个细节。她注意到，城堡的能量护盾在发射终极武器时，会出现短暂的能量波动。

“这是我们的机会！”安娜说道，“在护盾能量波动的瞬间，我们集中火力攻击，有可能突破护盾。”

李明立刻下达了命令，联合舰队在安娜的指挥下，等待着护盾能量波动的时机。当护盾出现波动的那一刻，联合舰队集中所有的火力，向着城堡发起了猛烈的攻击。在强大的火力攻击下，城堡的能量护盾终于出现了裂痕。