一直以来，杰斐逊最令人反感的一点便是他深信黑人天生低等，无法与白人和平共处。

控方的主要观点来自历史学家保罗·芬克曼（PaulFinkelman），当时执教于弗吉尼亚理工大学，主要的指控是针对杰斐逊的虚伪。

芬克曼指出：“因为杰斐逊是《独立宣言》的作者，对他在奴隶制问题上的立场做出考评时，要考虑的不是他是否优于同时代最恶劣的势力，而是他是否领导了最优秀的那部分人。”

答案显而易见：“杰斐逊考评不合格。”

芬克曼认为，杰斐逊是一个彻彻底底的种族主义者，在杰斐逊眼里，黑人与白人根本不可能相互平等地一起生活。并且，在废除奴隶交易或者限制奴隶制向南部之外地区蔓延的问题上，杰斐逊并没有表现出十分真诚的态度，他对于如何逐步实现解放奴隶的思考亦是如此。

他所钟爱的蒙蒂塞洛和他的奢靡生活，都是奴隶们辛苦劳作换来的。

芬克曼认为，给杰斐逊冠以“自由之父”的盛名是一种误导，说得严重些，甚至让人生厌。

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·史料：杰斐逊的私生子（《杰斐逊传》(美)约瑟夫·J.埃利斯）

弗吉尼亚大学退休的病理学家尤金·福斯特博士带领的一支科研团队，从一名在世的杰斐逊后代身上取得了含有杰斐逊Y染色体基因的血液样本，同时也从海明斯几位后代身上取得了血液样本。

检测结果发表在久负盛名的科学杂志《自然》（Nature）上，并在1998年万圣节那天向媒体公开。结果表明杰斐逊与萨莉最小的孩子埃斯顿·海明斯（EstonHemings）的基因相匹配。样本的配对成功完全是出于偶然的概率不到千分之一。

这就构成了确凿的证据，表明杰斐逊跟萨莉至少生育过一个孩子，结合先前的间接证据，可知两人很可能存在长期的性关系。如果托马斯与萨莉的故事是美国历史上最长的一出肥皂剧，那么现在终于接近尾声了。

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我们都知道，杰斐逊生活在美国充满矛盾冲突的历史时期，性格复杂，难以捉摸，因为他提出了现代史上最为鼓舞人心的平等主义思想，而他家中却拥有200名奴隶。

现在我们又知道，杰斐逊曾宣称种族通婚的前景极为可怕，并将其视为难以终结奴隶制的重要原因，而自己却又与一名女奴生了好几个孩子，

在基因比对结果出来之前，人们也许会认为杰斐逊的生活充满矛盾，现在我们可以确定，他的生活充满谎言。

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我们无法确定杰斐逊与萨莉·海明斯保持关系时的情感状况，但我们有理由相信，二人的恋情由来已久，最有可能始于在巴黎的最后那两年。

他们之间也极有可能是两相情愿的，至少从某种程度上来说，任何主人与奴隶之间的不平等交往都可以看作你情我愿的。