帝以西军实力犹存，南阳居天下之中，乃留李纲扶太后、皇嗣守扬州，以韩世忠节度淮西并护卫行在，封信王为天下兵马副帅，加马扩为北道都总管，统河北义军。张所制置京东两路，张俊节度淮东。
二月二十五，驻南淝口，有士民进橘，帝尽赐于众。忽有感，乃捻残烛入橘做灯，放于淮水之中，曰：区区流光，以飨英魂。上下肃然仿效，淮河一时流光溢彩，似汴京全盛之日，多有感时而泣者。
三月，驻汝阳，遣使抚诸县，命林玉堂收武关。忽闻银术可至，武关已失，辽降将耶律马五引军来犯。银术可，擒天祚帝、奚王，破太原者。时帝与刘子羽弈，堂下皆惊，独帝安坐如故。叱曰：坚城可倚，强军在外，朕非蛮王，卿等莫学靖康诸臣干涉军事，何惧之有？遂安。
西平崔冲，阎孝忠等引军勤王，然游疑不定。左右或罪之，独帝曰：“国乱纷扰，奈何求全责备于义士乎？”乃摆驾径入寨，如臂使指，破马五而还。银术可惧退，南阳乃平。无论其他，先诏朝臣议五事：曰土断、曰范琼、曰孙默、曰关西、曰军婚，各有处置，人心稍安。汴京四壁防御范琼，靖康时迫君献城，复败走襄阳割据，左右忧之。独帝曰：冢中枯骨。
四月十八，襄阳军乱，琼丧胆而尽杀妻女，其部韩立、王俊等惧，缚其出降。帝命以琼并妻女合葬，召诸将观之。曰：“乱世重典，其人罪当如此，卿等好亦自为之。”军纪为之一清。帝以南方已定，乃洗刷靖康之弊，禁空谈而重实务，臣皆半俸，公相各领条陈，分工合作，操持大略，数月上下井然，垂拱而治。
帝感熙宁以来，党争酷烈，旧党司马光等意气误国，新党虽蔡京王黼以公谋私，然王荆公之策实切中时弊，不可改之。乃宴于白河堤，定“唐宋八大家”，以本朝东坡学士文名出众，冠绝于众，诏其孙箪奏对。箪献苏轼手书《前赤壁赋》，帝大喜，遍示诸臣，赠轼美谥，命马兴祖作《白河郊游图》，亲书后赤壁赋于上赐箪。复与众评新旧党之功过，题《游褒禅山记》于《前赤壁赋》后，曰：“前苏后王各领风骚，虽俱往矣，犹胜“还西夏地，卫青奴才”之辈何多？今后当论行不论党。乃尽废元祐党人之禁，用新党之政治。”
五月，整顿御营，命河南兴守备，拔南阳军资援李彦仙。金主吴买乞大点兵，或恐河南有叛之事，议遣监军。帝否之，曰：“大浪淘沙，烈火试金，危急存亡之际，固有贪生怕死之徒，亦必有统筹得士如李伯纪，白发定军如宗汝霖者，卿等安坐后方待捷即可，何故示疑？”
八月，孔彦舟叛，河防大开。金伪作难民潜渡，破张荣，陷南京，京东制置张所焚殿死，淮甸震动。闻所殉国，默然良久，左右忧之，或问其故，帝曰：与所交时短，音容难忆，故愧疚难言。复闻兀术引军犯东京，时留守宗泽病重难起，世忠急援中伏，困于长社。朝议以杜充代宗泽职，统河南军事。初九，携吴夫人重阳登高，命众选诗应诗，胡闳休以“边头幸无事，醉舞荷吾君”，万俟卨以“片插茱萸少一人”讽之。帝知二人意，和以“遥怜故园菊，应傍战场开”，曰：“朕不肖，却有“醉里挑灯看剑”之意，卿且观之。”
十月，杜充私通金人，兀术乃留挞懒围长社，自引军五万围南阳。致书曰：下蔡一别至今，久念君颜，今提铁骑十万相迎，勿使汝父兄五国城久候。帝回书曰：三里之地，且来！以陈规总统城防，自辅宰以下皆上城。金军数攻不可进，杀伤甚重，斩银术可嫡子彀英。十一月，伏砲毙杀金万户赤盏晖以下猛安谋克数十员，士气大丧，兀术哀叹曰：“三里之遥，何异天涯？”
初八，充子嵩奔告鄢陵事，颐浩献策曰：官家不闻光武昆阳旧事呼？帝度兀术无能为，乃乘金人不备，亲引赤心队三百突城而出，直趋鄢陵。先寻岳飞，复召郦琼，二将应命，直入城中，召众将，擒杜充，持玉斧数其罪，诛之。
三年正月，以岳飞为先，亲引三军攻挞懒。战不利，统制徐庆等阵没，帝乃身先渡河，命万俟卨举龙纛随之，三军奋进，世忠见龙纛亦出，韩岳并旗，一战而破，斩其婿鹘拔鲁。十一，景默谏：“当是时，还于旧都可安天下”。帝以为然，命韩、岳攻兀术，自引军三千归旧都。
元月十五，归东京，见宗泽，问国事，当众指天誓曰“朕此生若不兴复两河，殄灭金国，犁庭扫穴，合天下于一，便当生无可恋，死无全尸”。复以《青玉案》“众里寻他千百度。蓦然回首，那人却在，灯火阑珊处。”慰之，宗泽弥留之际，留《示儿》一首，呼过河三声而逝。帝泣：挽天倾，止狂澜，鞠躬尽瘁，公不使武侯专美，追赠忠武。
二月，韩、岳击兀术，李彦仙、张俊亦引军至，大破之，南阳围遂解。廿五，帝聚将河阴，以军中袍泽结义盛行，然其心在于上报国家，下安黎庶，何必阴私，故效秦汉古风，屏门户之私，弘桃园之誓，命三十六统制殿前结义，七帅监之，复设统制秘折之制，军情直达于上，由是上下疏通，一革五代之弊。晋韩世忠少保，加两镇节度；以李彦仙靖康以来功高劳苦，实为“中流砥柱”，赐旗勉之。以张浚转运川蜀，以陈规为兵部尚书，罢南阳陪都，还于汴京。
三月，江南军乱，命岳飞平之。四月，皇嗣夭，罢李纲，晋吕颐浩东南留守。金以伪齐刘豫为帝，遣使以割两河还二帝议和，帝不许，下诏罪己，复以不可折士风，紫袍者见君不跪。邢皇后薨，金人还神佑、佛佑二公主。
五月，制定御营兵马定额。以胡寅制置关西，以曲端作“不向关中兴事业，却来湖上泛渔舟”语，夺职迁御营副都统。幸少林，以助军有功，赐“拳出少林”匾。会吕好问，兴原学。帝自简朴，养鱼种桑于后宫。
六月，伪齐元帅李成侵阳谷，杨沂中济水破之，复阳谷。岳飞擒斩伪元帅孔彦舟，复兖州。张荣擒伪齐太子刘麟，执送汴京。帝访于大相国寺，论水泊之事，嘉其忠勇爱民，晋节度。七月，开恩科，特许岳飞、曲端殿试，端及第，飞同进士。十一月，众请立皇后，帝以思念邢皇后，不许。御史李光以干涉天家事，请斩杨沂中。十一月廿，巡黄河。