朱祁镇的复位和他的一系列血腥手段，使得明朝的政治格局陷入了混乱。原本在朱祁钰统治下相对稳定的局面被打破，权力重新洗牌。制造了一幕幕人间惨剧。一些投机取巧的小人趁机上位，而真正有才能和忠心的大臣却纷纷遭到迫害。

朱祁镇复位后，对这二人感恩戴德，给予了他们极大的权力。曹吉祥掌管司礼监，干预朝政；石亨被封为忠国公，手握重兵，在朝中势力庞大。曹吉祥、石亨等又凭拥立之功乱政，引发“曹石之变”，

曹吉祥和石亨凭借着皇帝的宠信，开始肆无忌惮地发展自己的势力。他们广植党羽，卖官鬻爵，贪污受贿，积累了巨额的财富。石亨的家族成员纷纷加官进爵，占据要职；曹吉祥的亲属也鸡犬升天，仗势欺人。他们的势力几乎遍布朝堂，达到了只手遮天的程度。

朱祁镇逐渐意识到这二人的野心和危害。天顺三年（1459 年），石亨因侄子石彪谋反被牵连，获罪入狱，不久后死于狱中。

石亨倒台后，曹吉祥愈发不安。天顺五年（1461 年）七月，曹吉祥与其侄子曹钦起兵叛乱。朱祁镇果断采取行动，迅速调集军队平叛。最终，曹钦被杀，曹吉祥被处以磔刑。

“曹石之变”这场权力斗争，致使朝政荒废十余年，官员腐败、土地兼并严重，加速了明朝统治的动荡。

土木堡之变后来，朝廷在慢慢的建设中对北方游牧民族的态度由主动进攻转为被动防御，开始大规模修建长城等防御工事。

对宣府镇关隘展开了“堵漏”工程，后续的成化、正德、嘉靖等年间，更是不断修筑墩台、边墙及壕堑等防御工事，逐步完善长城军事防御体制。这使得边防形势渐有好转，百姓也不再对边塞望而却步，粮价稳定，经商环境改善，军士们士气重振。

监察系统亦经历重大变革。成祖朱棣设东厂，不久又立西厂，这些机构权力颇大，虽增强了监察力量与范围，却也滋生了滥用职权、侵犯人权等问题。

天顺八年（1464 年），朱祁镇病危，同年 2 月，朱祁镇去世，享年38岁。

朱祁镇死后，得到了“英宗”的庙号，还有一长串的谥号“法天立道仁明诚敬昭文宪武至德广孝睿皇帝”，最后被埋在明十三陵里的裕陵。

特别要提的是，朱祁镇在他的遗诏里取消了明朝一直有的宫妃殉葬制度。在这之前，只要皇帝死了，那些没生过孩子的妃子经常就得跟着去殉葬，陪着皇帝死。这制度太残忍，让好多妃子特别害怕。

朱祁镇取消这个制度，那可是做了件大好事。这表示对人命的看重，对妃子们有了起码的仁慈。所以《明史》夸他说“罢宫妃殉葬，则盛德之事可法后世者矣”，就是说他取消殉葬制度是大大的善举，能给后面的朝代做榜样。