在南京任上，他大力整顿吏治，打击贪污腐败。海瑞出狱后，在南京仍致力于推行“一条鞭法”。

“一条鞭法”是明朝嘉靖时期确立的赋税及徭役制度。 土地兼并严重，赋役不均，农民负担沉重，国家财政困难。为了解决这些问题，海瑞推行了“一条鞭法”。

“一条鞭法”：把各州县的田赋、徭役以及其他杂征总为一条，合并征收银两，按田亩和人丁的多少来分担。

他先对当地的土地和人口进行了详细的清查，确保税收的依据准确。把发现大量土地被隐瞒未报，导致税收流失，该罚的罚，该补漏的就补漏，海瑞亲自带队丈量土地，重新登记造册。

对于徭役的分配，海瑞按照人丁和田亩的实际情况进行调整，使得负担更加公平合理。他坚决打击那些试图逃避赋税和徭役的豪强地主，保障了普通百姓的权益。

海瑞明察暗访，官员利用职权收受贿赂，为他人谋取不正当利益，海瑞掌握证据后，将其严惩。

海瑞还积极处理民间纠纷，公正裁决案件。土地纠纷，涉及多方利益，海瑞通过深入调查和走访，依据事实和法律做出公正判决，赢得了百姓的信任和称赞。

海瑞断案在历史上留下被人称道的案例。在淳安县时，胡胜祖与邵时重为争夺山地发生纠纷，期间胡胜祖病故。胡胜祖有两个儿子胡胜荣和胡胜佑，胡胜佑有个外甥叫邵镛，他们与邵时重均有宿怨。于是，他们私下弄开胡胜祖的尸桶，用朱脂涂在胡胜祖尸体头部，假作伤痕，然后到淳安县告邵时重打死人命。

海瑞得知后，命汤县丞主持验尸，自己亲自进行检验和分析。他发现所点之朱和以胶脂，经洗刷数次后盆水仍红，其骨也不免呈红色。后用瓷瓦刮之，头颅硬处红去无迹，差异明显，从而昭雪了邵时重的冤枉，明确了胡胜荣等人的诬告罪行。

海瑞因逐渐有了明察秋毫的口碑，以至于与淳安县同属严州府的桐庐、建德、遂安等县发生重大案情，凡是经县、府、巡按御史等部门审理而仍不能结案的，也常移到淳安县来审理，或请海瑞前去会审。

海瑞爱惜百姓生命，秉公执法，不徇私情，不办冤枉之案，该推翻的就推翻，深得人心，因此被称为“海青天”。

万历十五年，七十四岁高龄的海瑞在南京任上溘然长逝。这位一生刚正不阿、清正廉明的贤臣，竟未曾留下一子半女承欢膝下，以延续他的血脉与志向。

他的一生，如同一盏明灯，燃烧自己，照亮世间的黑暗与不公，却从未为自己积攒半分财富。直至生命的最后一刻，海瑞依然两袖清风，逝世之时，家中竟无丝毫存款。他的身后之事，竟是靠知心好友佥都御史王用汲东拼西凑才得以操办。

当他的死讯传出，犹如一声惊雷，震撼了无数人的心灵。百姓们悲痛欲绝，从四面八方赶来，祭奠哭拜的队伍延绵长达百里。他们怀着无尽的哀思与敬仰，送别这位心中的青天。

朝廷有感于他的忠贞与高洁，特地追赠他为太子太保，赐予谥号“忠介”。这两个字，仿佛是对他一生的凝练总结，却也难以道尽他为这世间付出的一切。

《明史》评价海瑞：“海瑞秉刚劲之性，戆直自遂，盖可希风汉汲黯、宋包拯。苦节自厉，诚为人所难能” 。

明代博物学家谢肇淛认为海瑞的清廉是天性如此；明代思想家、文学家李贽认为海瑞是如松柏一样能成为栋梁的人；清代政治家张廷玉认为海瑞可媲美宋代包拯。