为了解决合作中的困难，探索舰队和平行文明共同建立了困难解决机制。首先，双方设立了专门的协调小组。这个协调小组由双方各选派的代表组成，成员涵盖了科学家、文化专家、资源管理专家等多个领域的专业人士。
协调小组的总部设立在双方合作项目基地的中心位置，一座融合了两个文明建筑特色的大楼拔地而起。大楼的外观一侧是原宇宙联盟简洁而实用的金属结构，另一侧则是平行文明那充满能量流动线条的晶体墙面。大楼内部的会议室里，配备着最先进的通讯设备，以确保双方成员无论身处平行宇宙还是原宇宙，都能实时沟通。
协调小组的主要职责是及时发现合作项目中出现的问题，并进行初步的评估和分类。对于那些因为思维方式差异导致的沟通不畅问题，协调小组制定了专门的沟通培训计划。
针对原宇宙科学家注重实验步骤和数据模型，而平行文明科学家依赖灵感和直觉的情况，培训计划中包括了互相学习对方工作方式的课程。原宇宙的科学家们开始参加由平行文明组织的能量感知课程，学习如何从能量的细微波动中捕捉可能的研究方向。
“我们不能仅仅局限于数据和模型，有时候，宇宙给予我们的直觉信号可能是打开奥秘之门的关键。” 一位原宇宙的年轻科学家在参加课程后说道。
平行文明的科学家们则参与到原宇宙的实验规范课程中，了解如何精确地设计实验、控制变量以及记录数据。
“这种严谨的实验方式让我们的研究更具说服力，也能让我们的发现更容易被重复验证。” 平行文明的一位科学家在学习后表示。
在解决资源分配的争议方面，协调小组制定了详细的资源评估和贡献量化体系。这个体系不再单纯以资源的稀有性或重要性来评判，而是综合考虑双方在资源投入、技术支持、人力投入等多个维度的贡献。
对于原宇宙联盟提供的物质资源，评估体系会计算其开采难度、储备量以及在新型能源技术开发项目中的实际转化率。平行文明的能量技术则从技术创新性、对项目的推动作用以及与原宇宙技术的融合难度等方面进行量化评估。
“我们要建立一个公平公正的资源分配方案，就必须全面考量各方的贡献，而不是片面地强调某一方面。” 协调小组的一位资源管理专家解释道。
为了解决知识产权方面的分歧，双方共同制定了一套全新的知识产权协议。这个协议在尊重原宇宙联盟对知识产权保护需求的同时，也兼顾了平行文明知识共享的文化理念。
协议规定，在合作项目中产生的新技术，其核心知识产权由双方共同拥有。对于这些技术的使用和传播，分为两个阶段。在初级阶段，为了确保技术的稳定性和安全性，双方将进行内部的共享和优化，这个过程中会有一定的使用限制。
当技术发展到成熟阶段后，将逐步向两个宇宙的其他文明开放共享，但需要遵循一定的传播规范，例如标注技术来源、确保技术使用的安全性等。
“这样既保护了双方的利益，又能让知识在宇宙间合理地传播，促进整个宇宙文明的发展。” 协调小组的法律专家说道。
在文化理解方面，协调小组加强了文化理解培训。为原宇宙的文化使者和平行文明的文化参与者安排了深入了解对方文化的课程。
原宇宙的文化使者们深入学习平行文明的能量文化，了解能量在他们的艺术、价值观和社会结构中的核心地位。平行文明的文化参与者则学习原宇宙中不同星球的情感文化，通过体验各种情感艺术作品、阅读情感文学等方式，增进对原宇宙情感文化的理解。
随着困难解决机制的逐步建立和完善，探索舰队和平行文明之间的合作项目开始有了转机。双方成员在这个机制的协调下，更加积极地面对合作中的问题，并且逐渐学会从对方的角度去思考和解决问题。林时在联盟总部密切关注着这个机制的运行情况，他知道，虽然困难仍然存在，但只要双方秉持着合作共赢的态度，就一定能够克服困难，走向更加深入的合作与发展。