慈禧太后甚怒，曰：惟以兼圻重臣，督署要地，竟有不法凶徒潜入署中，白昼行刺，断非该犯一人挟仇逞凶，已可概见。现在该犯尚无确供，亟须彻底根究。著张之万驰赴江宁，会同魁玉督饬司道各员，将该犯设法熬审，务将其中情节确切研讯，奏明办理，不得稍有含混。

午后，两宫又谕：张汶祥行刺督臣一案，断非该犯一人逞忿行凶，必应彻底研鞫，严究主使，尽法惩办。现审情形若何，魁玉此次折内并无提及。前已明降谕旨，令张之万驰赴江宁会同审办。即著该漕督迅速赴审，弗稍迟延。魁玉亦当督饬司道等官，详细审讯，务得确供，不得以等候张之万为辞，稍形松懈，此事案情重大，断不准存化大为小之心，希图草率了事也。

魁玉接旨再奏：奴才督饬司道昼夜研审，张犯刁狡异常，自知罪大恶极，必遭极刑，所供各情一味支离。讯其行刺缘由，则坚称既已拼命做事，甘受碎剐。奴才伏思前江督马新贻被刺一案，案情重大，用刑过久，又恐凶犯仓猝致命。

慈禧太后接奏，道：此供词闪烁，恐有牵制窒碍之处。魁玉技止此耳，张之万接旨月余，迟不动身，是何道理？务再严旨督促！

漕运总督张之万踯躅月余，抵达金陵，熬审十日，上疏曰：该犯自知身罹重解，凶狡异常，连讯连日，坚不吐实，刑讯则甘求速死，熬审则无一言语。既其子女罗跪于前，受刑于侧，亦复闭目不视，且时复有矫强不逊之词，任意诬蔑之语，尤堪令人发指。臣又添派道府大员，并遴选长于听断之牧令，昼夜熬审，务期究出真情，以成信谳。

给事中刘秉厚不以为然，上疏曰：派审之员以数月之久，尚无端绪，遂藉该犯游供，含混拟结。

慈禧太后亦怒，斥曰：现已四月之久，尚未审出实情具奏，此案关系重大，岂可日久稽延。

恭亲王奕訢道：启禀皇太后，奴才以为，魁玉、张之万等投鼠忌器，不敢放开手脚。倘若大刑伺候，张犯信口雌黄，胡咬一通，更难收拾残局。

慈禧太后道：倘若真乃湘楚将官抑或曾国藩发号刺杀，又当如何？

奕訢道：启禀皇太后，曾国藩公忠体国，万不会做此龌龊事情；其若主使，早已溜之大吉；其已滞直三月之久，等死乎？

慈安太后道：曾国藩滞留直隶，湘楚草莽万不敢兴风作浪。

慈禧太后道：速传谕旨，曾国藩如身体尚能应付，务必进京陛见。另，张之万务必亲自熬审，务得确情，昭示天下。