(公元1644年，李自成率领起义军攻占了北京，崇祯帝在眉
煤山自缢身亡，明朝就此覆灭。明朝的宗室和大部分文武大臣纷纷逃往南方。当时，淮河以南的地区名义上仍然隶属于明朝。
1644年4月，清朝摄政王多尔衮率领八旗军与明总兵吴三桂联合，在山海关击溃了李自成的十万大军。李自成战败后逃回西安，而清朝则顺利进入中原。
同年5月，凤阳总督马士英联合江北四镇的将领，在南京推举明福王朱由崧为帝，即弘光帝，这也标志着南明的正式建立。尽管国号依然为“明”，但历史上将这个时期称为南明。
此时的南明面临着来自清朝和闯王两个方向的巨大压力。朝廷中的大臣们寄望于通过联虏平寇的策略，借助清朝的力量来消灭李自成的势力。然而，南明朝廷内部却无法团结一致，反而陷入无休止的党争之中。文武官员相互争斗、勾心斗角，争夺权力，导致国家陷入混乱。
更糟糕的是，原本应成为抵御清朝入侵的中坚力量的史可法将军，却因政治斗争被排挤出朝廷。这样的局势使得南明政权摇摇欲坠，最终走向覆灭。)
朱元璋看着天幕勃然大怒，双目赤红对着天幕就破口大骂：“这群该死的文人，都快被异族奴役了，还脑袋里钻裤裆一个劲争权夺利。还联合那些异族人杀咱们汉人，你们读圣人书籍读狗上去了吗？还是脑袋被驴踢了，咱辛辛苦苦才把那些异族打跑，你们这群酸儒又来咱面前说知乎之也，咱看咱杀的还是太少了。”
下面的李善长等人听着朱元璋的话是额头冷汗不断，特别是感受到大殿上若有若无的杀意，有的人直接下昏了过去。就算当初陪朱元璋打下江山的李善长都感觉自己身躯摇摇欲坠好像一叶孤舟陷入了海浪之中随时会拍翻。
他们心里面对后世的文官大骂不已他们这是在坑他们啊，自己今天脑袋都不知道保的保不住。
(宁南侯左良玉以“清君侧”为名起兵，讨伐马士英。此时的弘光政权面临着巨大的压力，一方面要应对左良玉号称八十万大军的进攻，另一方面还要抵挡清军的大规模南下。1644年10月，农民起义领袖张献忠率领三十万兵力攻入四川，明军伤亡惨重。十一月，张献忠在成都称帝，建立了大西政权。
1645年4月，清军大规模围攻扬州，兵部尚书史可法带领城中百姓奋起抵抗，但明朝将领们却各自拥兵自重，持观望态度。最终，扬州沦陷，史可法拒绝投降并被杀。清军攻占扬州后，以不接受招安为由，下达了屠城令，城中的官兵和百姓几乎全部遭受屠杀，这一事件被称为“扬州十日”。
1645年5月15日，清军进入南京，明军纷纷投降。弘光帝朱由崧被俘获，不久后被处决，享年四十岁。至此，弘光政权灭亡。
公元1645年5月17日，李自成在流亡途中遭遇不幸，惨遭杀害。同年6月，唐王朱聿键在郑芝龙等众人的拥护下，于福州登基称帝，改年号为隆武，并自称为隆武帝，由此隆武政权正式建立。与此同时，鲁王朱以海也在绍兴被拥立为监国，鲁监国政权应运而生。隆武帝朱聿键胸怀壮志，一心想要振兴国家。他积极治理朝政，坚决抵抗清军南下，并多次收编李自成农民军余部，组织军队北伐。然而，由于军队主要依赖郑芝龙、郑成功父子，而郑芝龙却只考虑自身利益，无心对抗清军，导致北伐最终以失败告终。与此同时，鲁王朱以海为了争夺正统地位，与隆武帝之间产生矛盾，双方相互消耗，使得南明政权内部陷入分裂状态。到了1646年9月29日，隆武帝朱聿键无视群臣劝阻，亲自率领数千士兵出征，但此时郑芝龙早已暗中投降清军，使得清军得以长驱直入，直逼福建。
隆武帝在逃跑途中被清军所杀，隆武政权也随之灭亡。郑芝龙投降清朝之后，他的儿子郑成功选择退守金门，并坚决拒绝投降清朝。此后，郑成功开始在沿海地区广泛招募士兵、收集失散的部队并募集兵力。
1646年，隆武帝朱聿键死后，明神宗朱翊钧的孙子朱由榔被拥立为皇帝，即永历帝。永历政权正式建立。同年，隆武帝的弟弟朱聿鐭在广州被拥立为皇帝，建立了绍武政权。然而，这个政权仅存在了短短四十余天，便与永历政权相互攻击和征伐。此时，清军趁虚而入，攻占了广州，朱聿鐭最终选择自杀，绍武政权宣告灭亡。
1647年，大西政权的领袖张献忠因为部下的叛变而遭受重创，导致清军攻破了他的大本营。张献忠身受重伤，最终不幸离世。张献忠死后，大西政权的将领孙可望等人率领军队南下，并与永历帝联手共同抵抗清朝。同年，桂王朱常瀛向各路大军表达了不愿意偏安一隅的决心，他开始积极准备收复失地。
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仅仅半年时间，福建多地就被成功收复，清朝在福建的统治已经到了崩溃的边缘。然而，就在明朝复兴形势一片大好的时候，南明朝廷内部的争斗再次爆发。一些人企图架空朱一海，以获取实际权力。他们排斥异己、残害忠良、擅自杀害大臣，导致鲁坚国军队的战斗力大幅下降。之前攻占的地区又被清军夺回。
1651年，清军攻破舟山，鲁王朱以海逃往金门，并被迫取消了建国的名号。最终，他在金门病逝。1652年春天，清军大规模进攻贵州和川南。李定国发起反击，率领八万大军出征广西，攻克桂林，继而攻入湖南和广东。清廷的定南王孔有德战败自杀。随后，李定国又在杭州击败了清朝王爷尼堪，这场战役被称为“两撅明王”。
两撅明王天下震动，抗清斗争再次出现高潮。然而，就在这个关键时刻，孙可望与李定国之间的矛盾爆发了。孙可望嫉妒李定国的功劳和地位，阴谋策划杀害他。双方开始不断互相攻击，战争一触即发。
1657年，孙可望亲自率领10万大军，向李定国的3万人发起进攻。但是，由于许多将领不愿意参与内战，纷纷倒戈相向，孙可望的10万大军瞬间崩溃。这场内战让抗清力量受到了严重的削弱。
1658年，孙可望叛变投降清朝，清军趁机占领了贵州和广西。这使得明朝的形势变得更加危急。
1659年，清军分三路南下，永历帝在十二月被迫逃往缅甸。明朝的统治已经摇摇欲坠。
而在另一边，郑成功也面临着巨大的压力。他曾先后进行了三次北伐，但都遭到了清军的重创。尽管如此，他仍然坚持抵抗，希望能够恢复明朝的统治。
郑成功决定攻下台湾， 3月23日 ，郑成功亲率大军， 从金门攻打台湾的荷兰侵略者。 郑成功采取正面进攻加围困封锁的策略， 继沉了战舰科克伦号 ，捕获小艇三艘 ，战败的荷兰军开始仓皇逃跑 。在被围困近九个月后，荷兰殖民者因弹尽粮绝、大势已去，不得不选择投降。双方代表签订《郑和协议》，郑成功终于如愿以偿地收复了台湾。
收复台湾后，郑成功将其视为抗清的一个长久基地，希望能够以此为据点，继续与清朝对抗。为了实现反清复明的心愿，他开始倾尽全力着手各方面的建设，包括开垦荒地、兴修水利、发展农业等，致力于把台湾打造成一个繁荣的地方。
然而，命运无常，郑成功在台湾仅仅待了一年便与世长辞。他的离去给郑氏家族带来了巨大的冲击，也让台湾的局势变得扑朔迷离。此后，由于郑氏家族内部的权力斗争以及清朝的不断攻打，郑成功的孙子郑克爽最终选择了向清朝投降。至此，明郑政权宣告灭亡。
与此同时，1662年，吴三桂率领军队进入缅甸，将永历帝朱由榔押解回了云南。不久之后，永历帝朱由榔被绞死，南明政权也随之覆灭。
朱元璋听到“短暂的南明”这个词后感到十分疑惑，他心里暗自琢磨：“难道在我大明朝灭亡之后，我的子孙后代也像南宋时期那样建立了一个南明政权？可是，他们怎么会如此短命呢？”他不禁陷入沉思，试图回忆起天幕曾经的盘点，但却一无所获。于是，他好奇地问：“这短暂到底是多久？”