因守军炮火、滚木雷石齐下，强攻失败。

努尔哈赤随即改强攻为围困，并派降将李永芳到城下劝降。

遭拒绝后，再令环城强攻，此战清兵八进八退，自早晨一直至战斗到黄昏，后金战死数千人。

邹储贤自以为守住了金军攻势，便起了麻痹大意之心。

然而就在当夜，在夜幕掩护下，努尔哈赤令各军以板车为掩护挖城墙，使得城东北角遂塌落。

乘明军慌乱之际，努尔哈赤下令叠尸登城。

邹储贤在绝望中，焚毁官衙杀掉妻女儿后，亲入战阵，阵亡。

二十二日清晨，后金破城而入，城内明军官兵六千四百多人及五百多户居民奋起巷战，全员战死，而无一人投降。

努尔哈赤下令将清河城墙全部拆毁，又令将三岔堡至孤山堡一带民房尽行焚烧。

还拆毁一堵墙、碱场二城，使明军自清河至抚顺城无存身之地。

然后，收取地窖谷物，田中青苗，则纵马放牧，造成清河一带五六十里以内人烟断绝。

如果说抚顺之战是辽东文武群臣内外勾结所至，那清河之战就是努尔哈赤正式背弃与辽东文武默契标志。

这也是他正式背叛大明朝廷的正式之战。

此战之后，辽东腹地无险可守，努尔哈赤可随意进攻，来去自如，终让大明朝堂举朝震动。

而辽东文武也感受到了努尔哈赤的野心，同时发现他已经彻底失控。

清河陷落时，叆阳千总陈大道、高炫等闻风擅离城守，经略杨镐果断将其斩首示众。

同时还及时清理沈阳城中的金国奸细，截获努尔哈赤一两天内就想要进犯沈阳的消息。

在得知计划败露之后，努尔哈赤也取消了此次出征的计划。

八月，因清河被破一事，万历皇帝怒斥辽东诸将，最赐经略扬敲尚方宝剑，下旨曰：清河被攻克，敌虏的气势更加嚣张，各总兵官还在关内逗留，没有率先出击抵御敌虏，同仇敌忾的忠心在哪里？你们部门要遵照屡次下达的旨意，并且催促各镇的兵马都迅速出关听从调度，赐予剑一把，将帅以下有不服从命令的先斩后奏，务必期望剿灭狂虏来安定危局。

除此之外还对辽东的战略布局做了一系列调整，最重要的一环便是调任李如柏为辽东总官兵紧急北上坐镇。

清河的陷落让大明君臣终于意识到了努尔哈赤的尾大不掉，已经威胁到了国朝的统治。

此时，一场上下一下，消灭贼酋的战争正在缓缓酝酿。