1799年开春之后，科万塔伊神父和他领导的“农委会”，大刀阔斧推行的农奴制改革，这才真正触动到波兰广大地主贵族的核心利益，继而遭到了最激烈反对。

尤其是农奴主集中的大波兰、卢布斯卡、库亚维与罗兹等地区，乡间贵族与农奴主，以及目不识丁的农奴们共同站出来，反对这一场直接颠覆波兰近干年社会体制的改革。

在1799年的上半年，全波兰大约有两百多个城镇以及乡村，爆发了不同程度的“武装叛乱”，这其中既有反对土地改良的农奴主组织的，也有鼓吹暴力革-命的雅各宾派极端分子煽动的。

据事后的不完全统计，在内部阴谋者，还有英俄等国间谍的煽动下，差不多有10多万的波兰人，主动或是被动的卷入到这一场政变阴谋中。

至始至终，作为“农委会”总负责人，悲天悯人的胡戈�6�1科万塔伊神父，都是希望通过和平谈判，友好协商的方式，来逐步解决波兰社会的内部争端，并反对任何形式的暴力手段。

但在另一方面，科万塔伊神父的同僚们却没有足够的耐心。

等到5月初的时候，面临重重阻扰的“农委会”的其他6位委员，还是绕过负责人科万塔伊神父，直接向波兰的首席执政官巴尔斯发出求援。

很快的，科万塔伊神父的弟子，马鲁舍夫斯基将军接到了执政官的最高指令，其麾下内政部军警（相当于国内宪兵）予以坚决执行，采取一切有必要的武力手段，全力配合“农委会”的工作。

包括寻找、逮捕、甄别与处决那些冥顽不灵的保守派土地所有者，还有大肆煽动社会动荡的左派激进分子。

不久，包括警察、宪兵、自卫队在内的大批武装部队开始频繁调动，他们拿着情报人员提供的黑名单，赶赴各个暴动的乡村城镇，以叛国罪名，坚决而果断镇压每一个反叛者。

等到9月中下旬时，波及两百多个城镇以及乡村的“武装叛乱”，尽数被国内军警与自卫军迅速平息，差不多八百多名拒绝与政-府合作的乡间贵族、农奴主，还有他们的支持者，以及上干名实施暴力革-命的农奴和鼓动他们的激进分子，相继倒在血泊中。

这一期间，在面对越演越烈的各地暴乱，身心疲倦的科万塔伊神父最终宣布辞去担当的财政大臣，以及“农委会”主-席的职务。

仅24小时不到，巴尔斯执政官迅速接受了科万塔伊神父的辞职。对此，已同俄国沙皇签订了一揽子《和平协定》，即将返回巴黎的法兰西执政官，再度来到华沙，坚持支持巴尔斯政权。

对于任何动摇国家根本的反叛者，无论他是激进派，还是属于保守派，安德鲁教导巴尔斯的做法简单而残暴，毫不留情的彻底镇压。

毕竟，以巴尔斯为首的中-央政-府，拥有10万名始终效忠华沙的军警与国民自卫军，足以碾压那些分散四地的反抗势力。

此外，作为国防军的波兰自由军团尽管没有参与国内的军事行动，但他们联合法军，为波兰创造了宽松的国际政治与军事环境，至少不担心俄国人、英国人、普鲁士人与奥地利人的军事干涉。

不仅如此，在叛乱越演越烈之际，法兰西银行的董事会在安德鲁的指示下，同意了波兰政-府的请求，仅在48小时内，就特批了一笔五干万兹罗提（价值2500万法郎）的无息贷款，专门用于协助巴尔斯政-府镇压国内叛乱，收买人心。